Trên thế giới có hai nhóm trâu: trâu rừng châu Phi (Cape buffalo) và trâu châu Á, tức trâu nước. Đây là hai loài riêng biệt thuộc chi Syncerus (trâu châu Phi) và Bubalus (trâu châu Á) ở hai vùng địa lý cách biệt.

Về trâu châu Á, các nhà chuyên môn chưa nhất trí về cách sắp xếp phân loài. Có người thì cho là trâu chỉ có một loài Bubalus bubalis với ba phân loài, tiếng Anh gọi là "river buffalo", trâu sông (B. bubalus bubalis) ở Nam Á, "swamp buffalo", trâu đầm (B. bubalis carabanesis) ở Đông Nam Á, và trâu rừng Á châu (B. bubalis arnee). Có người thì cho rằng cả ba là ba loài riêng biệt tuy cận chủng.

Trâu đầm có 48 nhiễm sắc thể trong khi trâu sông lại có 50 nhiễm sắc thể và hai loài này khó lai giống, nhưng cũng có trường hợp thế hệ thứ nhất sanh đẻ được. Loài trâu và loài bò thì không thể lai giống được. Thí nghiệm khoa học cho ta biết phôi thai của trâu lai bò không phát triển để trưởng thành được.